À l’entrée du port de Marseille, en aplomb au-dessus du môle J4, le fort Saint-Jean devient un espace d’exposition pour les collections permanentes. Il accueille également des manifestations temporaires, tout en proposant au visiteur un parcours dans un jardin méditerranéen. Le fort Saint-Jean constitue un véritable point de jonction entre la ville et le musée, entre l’histoire et son écrin contemporain.