La confrérie du Saint-nom de Jésus, surnommée «les Bourras» à cause de l'habit en bure, est fondée en 1591. La chapelle de la confrérie est construite en 1597. Ses soixante-douze membres ont pour mission de consoler les condamnés à mort et de les assister au moment de l'exécution. À partir de 1764, les pénitents se vouent aussi à l'ensevelissement des forçats morts à l'hôpital de l'arsenal des galères.

Saisie à la Révolution, la chapelle est désaffectée, sert d'entrepôt pour les objets en provenance de diverses églises et devient tribunal révolutionnaire en 1793. Elle est vendue aux enchères en 1802.

En 1816 la chapelle, tombant en ruine, est rachetée par les bourras qui la rendent à sa destination première. En 1892 la confrérie des pénitents noirs fusionne avec celle des Bourras. La chapelle prend alors le nom de «chapelle des pénitents noirs».

Pendant la seconde guerre mondiale, sous l'impulsion de son vice-recteur Preyre, la compagnie attire un groupe de jeunes confrères et, tirant partie de sa fonction traditionnelle de visiteur de prison, communique avec les résistants arrêtés. Le dernier prieur Fontanier a la prudence de laisser les collections de la chapelle au musée du Vieux Marseille et au Musée du Terroir Marseillais de Château Gombert.

Après l'extinction de la confrérie, la chapelle a une destinée mouvementée pour finir vendue à une association en 1975 qui la rend au culte catholique traditionnel après d'importants travaux bénévoles.

Elle est aujourd'hui desservie par un prêtre de l'Institut du Bon Pasteur, communauté créée par le Saint Siège en 2006.

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