En 1628 des Jésuites s'installent sur le roc des Moulins et y fondent un centre de recherche et d'enseignement. Ils créent l’église de Sainte-Croix et un grand collège où la jeunesse marseillaise qui se destine au négoce est formée aux langues orientales. En 1701 l’école devient Observatoire Royal,  doté d'un matériel performant.

Pendant quelque cent-cinquante ans, de nombreux et brillants scientifiques y mènent des recherches, en particulier dans le domaine de l'hydrographie. L’observatoire est marqué par de grands directeurs, Saint-Jacques de Silvabelle, Pezenas, ou Pons qui grâce la découverte de trente-sept comètes donne à l’observatoire un rayonnement européen.

Par la suite, le lieu accueille l'Académie des Belles Lettres, Sciences et Arts en 1782 : il doit alors subir quelques remaniements pour abriter la salle de séances extraordinaires de l'Académie, ainsi que son cabinet de curiosités. Les plans de la salle sont réalisés par Brun, architecte de la ville, qui signe là son chef-d'œuvre. Après le transfert de l'observatoire sur les hauteurs du Palais Longchamp en 1868, la salle vit une longue période d'oubli et de dégradation.

Elle est rendue à sa qualité architecturale initiale par une campagne de restauration menée par la ville dans les années 1980.

L'établissement propose désormais chaque année deux expositions thématiques destinées au jeune public. Une façon ludique, pédagogique et originale de le familiariser avec les différentes formes d'Art.

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