Une nouvelle église est consacrée en 1648 par monseigneur de Puget. Autour se développent les cloîtres du couvent et les annexes.

Pendant la Révolution, le cloître devient l'arsenal de la garde nationale. Par la suite le couvent, à l'exclusion de l'église, est mis en vente et acheté en 1792 par le citoyen Gastinel.

Ce n’est qu’après le Concordat qu’elle est devenue église paroissiale, prenant alors saint Théodore, l’un des premiers évêques de Marseille, pour patron. Après le rétablissement définitif du culte, un sacrilège est commis dans cette église durant une nuit de mars 1829 par des voleurs qui dérobent des vases sacrés et les hosties.

La façade Renaissance est ornée de quatre pilastres surmontés d'un fronton triangulaire de chaque côté duquel se trouvent deux pots à feu. La façade est percée de niches dont les statues initiales de 1725, détruites à la Révolution, ont été remplacées en 1857 par celles de l'artiste italien Bagnasco : la Sainte Vierge, saint Louis tenant la couronne d'épines et saint Théodore.

L'église de plan traditionnel se compose d'une seule travée avec des bas-côtés. Une belle coupole éclaire le chœur. Le maître autel est en marbres polychromes orné au centre de l'agneau pascal. Derrière un grand tableau de Beaufort représente l'embarquement de saint Louis pour la croisade. Les peintures de l'ensemble de la voûte sont dues à Sublet et rappellent le vol sacrilège du ciboire en 1829.

Au-dessus de l'entrée, un très beau buffet d'orgue datant de 1740 environ est porté par une console sculptée d'instruments de musique d'une grande finesse d'exécution.

L'église et sa sacristie sont classées monuments historiques en 1991.

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