Les prêtres de la Mission de France, ordre religieux fondé au XVIIe siècle par Saint Vincent de Paul, s'installent modestement dans le quartier de l'arsenal des galères. Pendant les travaux d'agrandissement de la ville réalisés sous le règne de Louis XIV, ils construisent une église et divers bâtiments entre 1648 et 1673 sur un terrain délimité par les rues du Tapis-vert, Thubaneau, de la Mission de France et Longue-des-Capucins.

Fermée pendant la Révolution, devenue bien national, l'église est alors utilisée de 1791 à 1794 par les Protestants. En 1795, les bâtiments sont vendus à l'exception de l'église. Le lieu est loué aux Clarisses de 1806 à 1833.

En 1839, deux ans après avoir pris possession de son siège épiscopal de Marseille, monseigneur de Mazenod réalise son désir de faire revenir les jésuites dans son diocèse et leur confie l'église de la Mission de France. Les jésuites entreprennent alors de 1841 à 1865 une véritable reconstruction qui modifie l'aspect originel du bâtiment : ils font notamment communiquer l'entrée de l'église avec la rue du Tapis-Vert.

En 1860 Désiré Michel, cimentier, réalise la façade très originale actuellement visible. En septembre 1864, le maître-autel est consacré par monseigneur de Castellamare ; quant au buffet d'orgue, il est dessiné par l'architecte et ingénieur marseillais Condamin.

Fermée au culte en 1901, elle devenue salle de concert, école de maçonnerie et entrepôt de mobilier scolaire jusqu'en 1979. Elle est enfin rendue au culte par affectation de la ville de Marseille à la Fraternité Sacerdotale St Pie X le 18 octobre 1982.

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