Lors de son voyage en 1852, Louis Napoléon Bonaparte aurait souhaité avoir «une habitation avec les pieds dans l’eau». La ville de Marseille, pour le remercier de son intervention lors de l’échange des terrains du Lazaret entre l’Etat et la ville de Marseille, acquit ceux du plateau du Pharo et les lui offrit en 1855. La première pierre est posée en 1858, le jour de la fête de l’Empereur. Les projets des architectes Vaucher et Lefuel se multiplient en fonction des désirs du souverain.

Lorsque la révolution éclate en 1870, le Palais du Pharo est à peine terminé, et pas encore meublé. La foule détruit les insignes napoléoniens des grilles et de la façade. Ils n’ont jamais été remplacés : l’Empire a cédé sa place à la République.

Le Palais du Pharo est rendu à Eugénie, après la confiscation des biens privés de Napoléon III, mais la ville de Marseille le lui dispute. A l’issue d’un long procès, la propriété du Pharo revînt à Eugénie. Libre d’en disposer, elle décide alors de l’offrir à Marseille.

Cette résidence est transformée en Ecole de Médecine en 1904 : les ailes sont surélevées et la distribution intérieure modifiée.

En 1997, le palais abrite des services de la ville, l'Institut de la Méditerranée, le club "Marseille la Découverte" et un espace de congrès. En raison de l'intérêt croissant du tourisme d'affaires pour la destination Marseille, la ville s'est investie dans la restructuration du Palais du Pharo. En 2013, la transformation des étages en nouvelles salles de séminaire ainsi qu'une extension de l'espace restauration avec terrasse couverte donnant sur le Vieux Port sont venus compléter le dispositif en place.

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