Défiant l’autorité du roi, Marseille est assujettie au pouvoir royal après l'attaque d'une armée commandée par le Duc de Mercoeur. Louis XIV ordonne alors la construction d’un fort. Les travaux sont menés à un rythme frénétique par le chevalier de Clerville. Le Haut-Fort, achevé en 1663, est formé de deux enceintes imbriquées dont le plan quadrangulaire s’accroche à l’escarpement. Le Bas-Fort est achevé l'année suivante.

Les travaux sont menés suivant les plans en "étoile". La qualité des maçonneries, grand appareil de calcaire rose de la Couronne, et de leur mise en œuvre, chaînages d’angle à bossages et cordon créant des arabesques de contre-courbes dans les pentes, concourent à créer une impression de puissance sereine. Vauban y fait ajouter des batteries rasantes et la fausse braye que l'on voit encore aujourd'hui autour du bas-fort.

Au XVIIIe siècle, la citadelle abrite une garnison. En 1790 les Marseillais profitèrent de la Révolution pour démanteler les murailles et canons tournés vers la cité. Soucieuse de conserver un ouvrage utile à la défense de la patrie, l'Assemblée Nationale ordonne l'arrêt des démolitions. En 1794, Bonaparte, inspecteur des côtes de la Méditerranée, écrit au ministre de la Guerre pour rendre au fort son aspect défensif.

La citadelle n'est restaurée qu'en 1834, au moyen de pierres grisâtres qui tranchent avec les teintes d'origine. Sur ordre de Napoléon III, des travaux routiers scindent la citadelle en deux forts distincts et ouvrent un boulevard à la circulation. Le Haut-Fort devient le fort Entrecasteaux tandis que le Bas-Fort prend le nom de fort Ganteaume.

Le fort est classé monument historique en 1969.

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