Marseille et son port ont longtemps servi de porte d’entrée aux pandémies qui ont sévi jusqu’au début du XXe siècle : la peste mais aussi le choléra et la fièvre jaune. Contre cette menace, les Marseillais ont appris dès XVe siècle à se protéger notamment par l’isolement des voyageurs malades et des cargaisons auxquelles on prêtait un pouvoir de contamination.

En 1719, les bâtiments de la Consigne sont édifiés au pied du fort Saint-Jean. Ils sont l'œuvre de l'ingénieur Mazin.

L’épisode de la peste de 1720, ayant ravagé Marseille, la Provence et le Languedoc, incite les autorités à appliquer beaucoup plus strictement la réglementation sanitaire, qui ne cesse de se renforcer. Tout navire arrivant du Levant ou de Barbarie, ou bien venant d’un port touché lui-même par la peste, ou situé dans une région atteinte, doit mouiller au port de Pomègue. De là, sitôt arrivé, le capitaine est tenu de se rendre à l’entrée du port, pour déclarer sous serment, devant la Consigne, sa provenance et les incidents qui ont pu survenir au cours de la traversée. Les intendants décident de la quarantaine à appliquer au navire et de l’emplacement de celle-ci. En cas de peste déclarée à bord, les bâtiments sont envoyés faire leur purge à l’île de Jarre, très loin de la ville, où les malades sont mis à l’isolement dans l’enclos Saint-Roch.

Le bâtiment de la Consigne Sanitaire est doublé au XIXe siècle par un bâtiment identique. Le bâtiment est inscrit à l’Inventaire supplémentaire des monuments historiques depuis 1949.

La statue qui décore l'une de ses façades est celle de saint Roch, le saint protecteur notamment contre les épidémies.

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